1985 жылы тұрғызылған Шымкент мұнай өңдеу зауыты республикадағы ең жаңа зауыт болып табылады. Зауытта Қазақстанның үш мұнай өңдеу зауыты шығаратын мұнай өнімдерінің қазіргі көлемінің шамамен 30%-ы қайта өңделеді. Шымкент МӨЗ – бұл Қазақстанның оңтүстігінде, республиканың халық ең тығыз қоныстанған бөлігінде орналасқан мұнай өңдейтін бірден бір зауыт. Осы кәсіпорынынң қолайлы географиялық орналасуын және жоғары техникалық мүмкіндіктерін есепке алса, ішкі және сыртқы нарықтарға жеткізілімдерді жүзеге асыру үшін онда барлық алғышарттар бар. Шымкент МӨЗ-ның жобалық қуаттылығы жылына 5,25 млн тонна немесе шамамен 40,65 млн баррель мұнайды құрайды. Зауыт ПҚҚР компаниясы мен үшінші тараптардың мұнайын қайта өңдеп, толлинг негізінде жұмыс істейді. Мұнай өнімдерінің сұрыпталымына бензиннің түрлі сұрыптары (Aи-80, Aи-92 және Aи-96), дизельдік отын, авиациялық керосин, сұйылтылған газ, вакуумдық газойль мен мазут кіреді. Кәсіпқой әрі жоғары технологиялық өңдеу үрдісін қолданудың әрі Құмкөл мұнайының айрықша жоғары сапасының нәтижесінде, «ПетроҚазақстан» компаниясының өнімдерінің сапасы жоғары болып келеді. 2010 жылы МӨЗ мұнай өңдеу көлемі 4,58 млн тоннаға жетіп (жоспар бойынша 4,1 млн тонна), бұл өткен жылдың көрсеткішін (көлемі 4 млн тонна болғанда) айтарлықтай арттырған.

Компанияда сертификаттау аудиті өткізілді, оның шеңберінде біріктірілген менеджмент жүйелерінің ИСО 14001:2004 стандартының талаптарына және экологиялық менеджмент жүйесі бойынша Нұсқаулықта, құжаттандырылған рәсімдерде және басқа да басшылыққа алынатын құжаттарда келтірілген талаптарға сәйкестігі тұрғысынан жұмыс істеуі тексерілді. Аудитпен кәсіпорынның аудит жүргізу жоспарында көрсетілген барлық бөлімшелері: мұнайды  қабылдау, сақтау, қайта өңдеу, мұнай өнімдерін шығару бөлімшелері қамтылды. Аудит жүргізу барысында өндірістік қызметтің техникалық және экологиялық қырлары, сондай-ақ экологиялық заңнаманың, нормативтік ұйғарымдардың және басқа да негізге алынатын құжаттардың тиісті талаптары ескерілді. Соңында аудиторлар командасы ISO 14001:2004 талаптарына сәйкес экологиялық менеджмент жүйесін ендіру бойынша кәсіпорынның атқарған қызметіне оңды баға берді. Экологиялық көрсеткіштер мониторингі мен операциялық бақылаудың жақсы ұйымдастырылғаны, зауыт зертханасының тамаша жұмысы, қауіпсіздіктің қамтамасыз етілуі, құю-қотару эстакадасының тамаша күйде екені, зауыттың тазартқыш құрылыстарын жұмыс күйінде ұстау және оларды ағындысыз жүйені ендіру мақсатында қайта құру бойынша атқарылған жұмыстар айрықша атап өтілді.